多次元ガウス分布は、次の式で定義される確率分布です。
N(x|μ,Σ)=1(2π)D2|Σ|12exp{−12(x−μ)⊤Σ−1(x−μ)}
Dは次元数です。ここでは、2次元のグラフで表現するためD=2とします。
D=2のとき、確率変数の値x、平均ベクトルμ、分散共分散行列Σは、次の形状になります。
x=(x1,x2), μ=(μ1,μ2), Σ=(σ21σ1,2σ2,1σ22)
σ21はx1の分散、σ22はx2の分散、σ1,2=σ2,1はx1,x2の共分散です。σ21>0,σ22>0を満たす必要があります。
この2次元ガウス分布のグラフを作成します。
利用するパッケージを読み込みます。
# パッケージの読み込み
library(tidyverse)
library(mvnfast)
mvnfast
は、多次元ガウス分布に関するパッケージです。
等高線図を描画するのに格子状の点を利用します。作図の前に、格子点の作成方法を確認します。
seq()
で、x軸とy軸の値を作成します。
# x軸の値を作成
<- seq(from = 1, to = 5, by = 1)
x_vals
# y軸の値を作成
<- seq(from = 11, to = 15, by = 1)
y_vals x_vals; y_vals
## [1] 1 2 3 4 5
## [1] 11 12 13 14 15
seq()
は、第1引数(from
)から第2引数(to
)までの値を第3引数(by
)に指定した間隔で作成します。
x軸の値をx_vals
、y軸の値をy_vals
とします。
作成した値をデータフレームに格納します。
# 値をデータフレームに格納
<- tibble::tibble(
x_vals_df x = x_vals, # x軸の値
y = y_vals # y軸の値
)head(x_vals_df)
## # A tibble: 5 x 2
## x y
## <dbl> <dbl>
## 1 1 11
## 2 2 12
## 3 3 13
## 4 4 14
## 5 5 15
ggplot2
パッケージで作図するには、作図に用いる値をデータフレームにしておく必要があります。
散布図を作成して値を確認します。
# 散布図を作成
ggplot() +
geom_point(data = x_vals_df, mapping = aes(x = x, y = y)) + # 散布図
scale_x_continuous(breaks = x_vals) + # x軸目盛
scale_y_continuous(breaks = y_vals) + # y軸目盛
labs(title = "seq()")
geom_point()
で散布図を作成できます。
expand.grid()
で、格子点を作成します。
# 格子点を作成
<- expand.grid(
x_grid_df x = x_vals, # x軸の値
y = y_vals # y軸の値
)head(x_grid_df); tail(x_grid_df)
## x y
## 1 1 11
## 2 2 11
## 3 3 11
## 4 4 11
## 5 5 11
## 6 1 12
## x y
## 20 5 14
## 21 1 15
## 22 2 15
## 23 3 15
## 24 4 15
## 25 5 15
expand.grid()
は、引数に指定した値を使って、全ての組み合わせを持つデータフレームを作成します。引数に列名 = 値
として指定します。
各行が1つの点に対応します。「x_vals
の要素数」掛ける「y_vals
の要素数」個の点(組み合わせ)ができます。2つのベクトルの要素数が同じである必要はありません。
作成した点を確認します。
# 散布図を作成
ggplot() +
geom_point(data = x_grid_df, mapping = aes(x = x, y = y)) + # 散布図
scale_x_continuous(breaks = x_vals) + # x軸目盛
scale_y_continuous(breaks = y_vals) + # y軸目盛
labs(title = "expand.grid()") # ラベル
x_vals, y_vals
の全ての組み合わせになっているのを確認できます。
格子点の確認ができたので、2次元ガウス分布のグラフを作成します。
作図に利用するx=(x1,x2)の値を作成します。
# xの値を作成
<- seq(from = -5, to = 5, length.out = 51)
x_vals
# xの点を作成
<- expand.grid(x1 = x_vals, x2 = x_vals) %>%
x_points as.matrix()
head(x_points)
## x1 x2
## [1,] -5.0 -5
## [2,] -4.8 -5
## [3,] -4.6 -5
## [4,] -4.4 -5
## [5,] -4.2 -5
## [6,] -4.0 -5
seq()
でx1,x2の値を作成して、x_vals
とします。等高線が粗い(点の数が少ない)場合や処理が重い(点の数が多い)場合は、この設定を調整してください。
expand.grid()
でxの値(組み合わせ)を作成して、x_points
とします。ただし、確率密度の計算時ために、as.matrix()
でデータフレームからマトリクスに変換しておきます。
平均ベクトルμと分散共分散行列Σを作成します。
# 平均ベクトルを指定
<- c(0, 0)
mu_d
# 分散共分散行列を指定
<- matrix(c(1, 0, 0, 1), nrow = 2, ncol = 2) sigma_dd
μの値を指定してmu_d
とします。
Σの値を指定してsigma_dd
とします。matrix()
に(σ21,σ2,1,σ1,2,σ22)の順に値を指定します。
設定したパラメータを使って確率密度を計算します。
# 2次元ガウス分布を計算
<- tibble(
dens_df x1 = x_points[, 1], # x軸の値
x2 = x_points[, 2], # y軸の値
density = mvnfast::dmvn(X = x_points, mu = mu_d, sigma = sigma_dd) # 確率密度
)head(dens_df)
## # A tibble: 6 x 3
## x1 x2 density
## <dbl> <dbl> <dbl>
## 1 -5 -5 2.21e-12
## 2 -4.8 -5 5.89e-12
## 3 -4.6 -5 1.51e-11
## 4 -4.4 -5 3.71e-11
## 5 -4.2 -5 8.76e-11
## 6 -4 -5 1.99e-10
mvnfast
パッケージのdmvn()
で多次元ガウス分布の確率密度を計算できます。変数の引数X
にx_points
、平均ベクトルの引数mu
にmu_d
、分散共分散行列の引数sigma
にsigma_dd
を指定します。
x1,x2の値と、対応する確率密度(計算結果)をデータフレームに格納します。
まずは、散布図で確認します。
# 散布図を作成
ggplot() +
geom_point(data = dens_df, mapping = aes(x = x1, y = x2, color = density, alpha = density)) + # 散布図
labs(title = "geom_point()") # ラベル
色の引数color
にdensity
列を指定すると、点ごとに確率密度に応じた色が付きます。
透過度の引数alpha
にも指定して、点ごとに濃淡を変更します。
では、等高線図を作成しましょう。
# 等高線図を作成
ggplot() +
geom_contour(data = dens_df, mapping = aes(x = x1, y = x2, z = density, color = ..level..)) + # 等高線図
labs(title = "geom_contour()") # ラベル
geom_contour()
で等高線図を描画できます。
z軸の引数z
に確率密度(density
列)を指定します。
等高線の色の引数color
に..level..
を指定すると、z
引数の値に応じて色付けされます。
先ほどの散布図に関して、確率密度が同じ点を線で結んだイメージです。
最後に、色々装飾を施します。
# 2次元ガウス分布を作図
ggplot() +
geom_contour(data = dens_df, mapping = aes(x = x1, y = x2, z = density, color = ..level..)) + # 等高線図
coord_equal() + # アスペクト比
labs(title = "Multivariate Gaussian Distribution",
subtitle = paste0("mu=(", paste(mu_d, collapse = ", "), ")",
", lambda=(", paste(sigma_dd, collapse = ", "), ")"),
x = expression(x[1]), y = expression(x[2]),
color = "density") # ラベル
Enjoy!